Mastering Perl for Bioinformatics生物信息学进阶教程
生信圈子的 Perl 爱好者,《Mastering Perl for Bioinformatics》算是比较经典的一本进阶书了。语法讲得扎实,配套的例子也都贴合生物数据,尤其是对 DNA、蛋白质序列的操作,有针对性。
Perl 的正则表达式能力一直都蛮强的,用在基因序列搜索、清洗数据上挺顺手。如果你刚接触 BioPerl 或者想搞懂怎么优雅地用split
、map
这些函数高效序列数据,这书能带你少走不少弯路。
里面还挺注重实际案例的,像FASTA
、GenBank
这些格式的解析讲得细。甚至连文件、错误日志都讲得比较系统,适合日常脚本开发。
如果你已经在用 Python 了,也别急着跳过。可以顺手看看这两篇相关的教程:
哦对了,跟这本书一起使用Bioperl库也合适,配合起来效率更高。有兴趣可以看看这篇:Bioperl 生物信息学工具集。
如果你平时是那种喜欢写点小工具、自动化实验数据的人,这本书会让你写出来的代码更靠谱更优雅。
建议:初学 Perl 的时候可以搭配这本书慢慢啃,别跳章节,前面打基础的东西挺关键。如果你已经写过几个生信项目,那可以直接挑感兴趣的案例看,实战部分还是蛮有收获的。
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