GenBank文件解析实例(Perl实现)

genbank文件的基因数据提取,Perl 的 CPAN 库其实挺能打的。你只要稍微熟点 Perl,改改脚本里的路径,运行起来也蛮顺溜的。整个脚本用起来挺直观,没什么乱七八糟的依赖,拿来练手或者快速数据都还不错。

脚本逻辑也挺清晰,主要靠Bio::SeqIO模块,把 genbank 文件读进来之后,按记录提取想要的字段,比如 gene name、location、translation 之类的。你可以顺手加个过滤逻辑,提你想要的某类基因,效率也不低。

不过要注意,genbank路径是硬编码的,记得换成自己的文件路径。不然直接跑肯定报错。改个路径再跑一遍,问题就不大。

如果你对 Perl 不太熟,又刚好想基因数据,建议先看看Perl 语言解析这篇,打个基础更顺手。或者你也可以看看R/Bioconductor那种高通量的东西,稍微重型一点但功能更全。

,这个脚本比较适合轻量级任务,适合做快速预或者教学演示。嗯,如果你手头正好有 genbank 文件要批,用它上手快。

pl 文件大小:6.08KB