BioPerl I.II教程资料
BioPerl 的工具箱,蛮适合刚接触生信的你。CSHL_Bioperl_I&II.pdf这份资料讲得比较系统,从怎么用Sequence 模块序列,到BLAST 解析、GFF 数据库的操作都带到了。语法不难,适合边学边试。
模块的组织还挺清晰,像序列的、搞注释的、连数据库的都有单独分出来。你如果有点 Perl 基础,上手就会比较快。哪怕是想写点小工具,直接调用模块,效率也高。
用来解析 BLAST 结果还挺香的,直接用Bio::SearchIO
模块,几行代码就能拿到比对信息。省得自己写正则去扒数据,烦都烦死了。比如:
my $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'blast', -file => 'blast.out');
while (my $result = $searchio->next_result) {
print $result->query_name;
}
另外也提了GFF 文件的,比如怎么读取、过滤、写入等,用来做注释转换和数据整理都还不错。你要是对进化感兴趣,像树结构、群体数据这些,它也有相关模块支持。
哦对了,如果你在Windows 环境装 BioPerl 卡壳了,可以看看这篇安装指南,挺详细的。还有个实用教程,例子比较接地气。
这份 PDF 内容量不小,想打好 Perl 在生信里的基础,这个还蛮值得一看的。如果你平时习惯 Python,会觉得语法略老,但逻辑是真的清晰。
38.14MB
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