蛋白质结构可视化入门:以泛素为例解读TCP/IP协议(卷1第二版)

蛋白质结构初探:导入泛素分子

第一步是用分子可视化软件打开蛋白质结构文件。本教程使用泛素蛋白的PDB文件(1UBQ.pdb)作为示例,该文件包含了泛素所有原子的三维坐标信息。

  1. 在VMD软件主界面的菜单栏中,点击“文件”→“新建分子”,如图2(a)所示。此时会弹出一个名为“分子文件浏览器”的窗口(图2b)。

  2. 点击“浏览”按钮(图2c),在“vmd-tutorial-files”文件夹中找到“1UBQ.pdb”文件。选中该文件后,会返回“分子文件浏览器”窗口。

  3. 注意:务必点击“加载”按钮(图2d)才能将选中的文件导入VMD软件。

  4. 现在,泛素的结构就会出现在OpenGL显示窗口中。你可以随时关闭“分子文件浏览器”窗口。

(图2 导入分子)

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