基于颜色的偏差可视化
为了比较两个分子中原子位置的差异，可以使用预先编写的脚本进行对比。通过Tcl源命令source file从文件中运行脚本，例如位于vmd-tutorial-files/coloring.tcl中的脚本。脚本会改变晶体分子的beta值，反映模拟后分子中原子位置的变化。运行脚本后，通过设置分子crystal的着色方法为Beta并隐藏分子simulation，可以观察新的beta值。此时，晶体分子将根据模拟中的总位移程度进行着色。为了进一步分析，可以调整颜色范围。在图形化表示窗口中，选择轨迹标签，在颜色范围控制中设置beta值的范围。这样就将颜色范围设置在指定的范围内，例如0到5埃之间。
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